Nội dung sach tập trung nghiên cứu những vấn đề chính sau: Thứ nhất, tìm hiểu bối cảnh chính trị, kinh tế, văn hóa, xã hội Việt Nam thế kỷ XIX, những nguy cơ và tác động mà triều đình Tự Đức phải đối diện trong quá trình bị thực dân và truyền giáo. Thứ hai, tìm hiểu tình hình sinh hoạt tôn giáo và chính sách đối với các tôn giáo lớn thời Tự Đức như Nho giáo, Phật giáo, Đạo giáo và Công giáo. Thứ ba, phân tích những nguyên nhân cơ bản, những hạt nhân hợp lý, cũng như những nghịch lý trong chính sách tôn giáo thời Tự Đức, từ đó rút ra những mặt tích cực cũng như hạn chế trong thái độ ứng xử của triều vua này đối với các tôn giáo.